活性崖分子图像预训练框架MaskMol：基于像素掩蔽的知识引导

Kernekoncepter

MaskMol是一种基于分子图像的知识引导自监督学习框架,通过多级像素掩蔽任务有效学习分子的细粒度表示,在活性崖估计和化合物活性预测等任务上显著优于现有方法。

Resumé

本研究提出了一种名为MaskMol的知识引导分子图像自监督学习框架,用于解决活性崖问题。活性崖是指结构相似但生物活性差异显著的分子对,对于传统的基于图的深度学习模型来说是一个挑战,因为它们容易发生表示塌陷。

MaskMol通过三个知识引导的像素掩蔽任务,即原子级、键级和基团级掩蔽,有效学习分子图像的细粒度表示。实验结果表明,MaskMol在活性崖估计和化合物活性预测等任务上显著优于现有的深度学习和机器学习方法。可视化分析进一步证明了MaskMol在识别活性崖相关的分子亚结构方面的优秀性能。

此外,通过MaskMol,我们还发现了一些潜在的EP4抑制剂,这为利用活性崖进行虚拟筛选提供了新的洞见。总的来说,本研究不仅提高了对活性崖的认识,而且还提出了一种新的分子图像表示学习和虚拟筛选方法,为药物发现和结构-活性关系研究带来了新的进展。

Statistik

在DAT数据集上,添加苯环(归因值=-1.93,Ki=5,370 nM)和乙醇基团(归因值=-0.95,Ki=758 nM)会降低模型预测值,其中苯环的影响更大。
在DAT数据集上,丙基的位置会影响活性,模型的归因值也做出了相同的判断。
在致突性预测中,硝基、氨基和醌基团会增强模型预测毒性的能力,而羧基基团会提高模型预测非毒性的能力,这与之前的研究结果一致。

Citater

"活性崖,即结构相似但生物活性差异显著的分子对,可导致模型表示塌陷,使模型难以区分它们。"
"我们的研究表明,随着分子相似性的增加,基于图的方法难以捕捉这些细微差异,而基于图像的方法能有效保留这些差异。"
"通过利用像素掩蔽任务,MaskMol能从分子图像中提取细粒度信息,克服现有深度学习模型在识别细微结构变化方面的局限性。"

Vigtigste indsigter udtrukket fra

MaskMol: Knowledge-guided Molecular Image Pre-Training Framework for Activity Cliffs

by Zhixiang Che... kl. arxiv.org 09-20-2024

https://arxiv.org/pdf/2409.12926.pdf

Dybere Forespørgsler

どうやってより多くの化学知識（指紋知識、3D空間構造知識、化学反応知識）を画像モデルに統合し、MaskMolの性能を向上させるか？

MaskMolの性能を向上させるためには、化学知識を画像モデルに統合することが重要です。具体的には、以下のアプローチが考えられます。まず、指紋知識を活用することで、分子の特性をより正確に捉えることができます。例えば、MACCS、ECFP、PharmPrintなどの異なる指紋を組み合わせることで、分子の構造的特徴を強化し、活性崖の予測精度を向上させることが可能です。
次に、3D空間構造知識を取り入れることで、分子の立体的な相互作用を考慮することができます。これにより、分子の立体配置や立体異性体の影響をモデルに反映させることができ、特に活性崖のような微細な構造変化を捉える能力が向上します。さらに、化学反応知識を統合することで、分子の合成経路や反応性を考慮した予測が可能になり、より実用的な薬剤設計に寄与します。

どのようにして画像と他の表現（SMILESやグラフ）を細粒度で整合させ、モデルが多視点から学ぶことを促進し、微細な違いを捉える能力を向上させるか？

画像と他の表現（SMILESやグラフ）を細粒度で整合させるためには、マルチモーダル学習のアプローチを採用することが効果的です。具体的には、MaskMolの知識ガイド付きピクセルマスキングを利用して、画像とSMILESやグラフの情報を相互に補完することができます。例えば、分子の画像を生成する際に、SMILES表現から得られる構造情報を用いて、特定の原子や結合を強調するマスキングを行うことができます。
このようにして、モデルは異なる表現から得られる情報を統合し、分子の特徴を多角的に学習することができます。さらに、細粒度のマスキングを通じて、モデルは特定の部分に焦点を当て、微細な構造変化を捉える能力が向上します。これにより、活性崖の予測精度が向上し、より信頼性の高い構造-活性関係（SAR）の理解が促進されます。

どのようにしてマルチタスク学習アプローチを用いて、活性崖、毒性、薬物動態などの関連タスクを同時に予測し、モデルの全体的な一般化能力と性能を向上させるか？

マルチタスク学習アプローチを用いることで、活性崖、毒性、薬物動態などの関連タスクを同時に予測することが可能です。このアプローチでは、共通の特徴を学習することで、各タスク間の相互作用を活用し、モデルの一般化能力を向上させることができます。
具体的には、MaskMolのような知識ガイド付きモデルを使用して、各タスクに特化した出力層を設けることが考えられます。これにより、モデルは異なるタスクに対して異なる損失関数を最適化しつつ、共通の特徴を学習することができます。例えば、活性崖の予測において得られた知見を毒性予測や薬物動態予測に応用することで、モデルはより豊富な情報を持つことができ、全体的な性能が向上します。
さらに、マルチタスク学習は、各タスクのデータが限られている場合でも、他のタスクからの情報を活用することで、モデルの過学習を防ぎ、より堅牢な予測を実現します。このようにして、MaskMolは複数の関連タスクを同時に学習し、薬剤設計や発見のプロセスを加速させることが期待されます。