SARS-CoV-2ウイルスラインジの相対的な存在量を推定するための参照設計の影響

Kernkonzepte

下水処理水シーケンシングデータからSARS-CoV-2ウイルスラインジの相対的な存在量を推定する際、参照データセットの設計が大きな影響を及ぼす。

Zusammenfassung

本研究では、SARS-CoV-2ウイルスラインジの相対的な存在量を推定する際の参照データセットの設計について検討した。
参照データセットの設計には2つの一般的なアプローチがある:

特徴的なマーカー変異を使用する変異ベースのアプローチ(MAMUSS)
完全なゲノム配列を使用するシーケンスベースのアプローチ(VLQ-nf)

これらのアプローチを、合成サンプル、ドイツの早期サンプル、ドイツの空港下水サンプルの3つのデータセットで比較した。
変異ベースのアプローチは、ウイルスラインジの多様性が増加するにつれて、特徴的なマーカー変異の選択が困難になる傾向がある。一方、シーケンスベースのアプローチは、より多くのサブラインジを検出できるが、低頻度の偽陽性検出も見られた。
両アプローチともに、参照データセットの選択が大きな影響を及ぼす。特に、参照データセットの大きさや変異頻度のしきい値の設定が、ラインジ存在量の推定に影響する。
本研究の結果は、下水処理水シーケンシングデータからのSARS-CoV-2ウイルスラインジ存在量推定における参照設計の重要性を示している。参照データセットの適切な設計と更新が、より正確な監視システムの構築に不可欠である。

Statistiken

下水処理水サンプルの SARS-CoV-2 ウイルスゲノムシーケンシングデータには、完全なウイルスゲノムではなく、断片的な配列が含まれている。
ドイツでは、2020年1月1日から2023年4月19日までに、931,260件のCOVID-19陽性臨床検体のゲノムシーケンスがGISAIDに登録されており、ドイツで報告された38,388,247件のSARS-CoV-2感染症例の2.426%を占める。
下水処理水サーベイランスは、コミュニティレベルでのSARS-CoV-2ウイルスバリアントの広範な把握を可能にする。

Zitate

"下水処理水シーケンシングデータからSARS-CoV-2ウイルスラインジの相対的な存在量を推定する際、参照データセットの設計が大きな影響を及ぼす。"
"変異ベースのアプローチは、ウイルスラインジの多様性が増加するにつれて、特徴的なマーカー変異の選択が困難になる傾向がある。"
"シーケンスベースのアプローチは、より多くのサブラインジを検出できるが、低頻度の偽陽性検出も見られた。"

Wichtige Erkenntnisse aus

Impact of reference design on estimating SARS-CoV-2 lineage abundances from wastewater sequencing data

by Assm... um www.biorxiv.org 06-02-2023

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.02.543047v1

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