本研究では、SARS-CoV-2ウイルスラインジの相対的な存在量を推定する際の参照データセットの設計について検討した。
参照データセットの設計には2つの一般的なアプローチがある:
これらのアプローチを、合成サンプル、ドイツの早期サンプル、ドイツの空港下水サンプルの3つのデータセットで比較した。
変異ベースのアプローチは、ウイルスラインジの多様性が増加するにつれて、特徴的なマーカー変異の選択が困難になる傾向がある。一方、シーケンスベースのアプローチは、より多くのサブラインジを検出できるが、低頻度の偽陽性検出も見られた。
両アプローチともに、参照データセットの選択が大きな影響を及ぼす。特に、参照データセットの大きさや変異頻度のしきい値の設定が、ラインジ存在量の推定に影響する。
本研究の結果は、下水処理水シーケンシングデータからのSARS-CoV-2ウイルスラインジ存在量推定における参照設計の重要性を示している。参照データセットの適切な設計と更新が、より正確な監視システムの構築に不可欠である。
toiselle kielelle
lähdeaineistosta
biorxiv.org
Tärkeimmät oivallukset
by Assm... klo www.biorxiv.org 06-02-2023
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.02.543047v1Syvällisempiä Kysymyksiä