單染色體缺失下基因劑量不足對生存力的支持

Concepts de base

單染色體缺失會導致許多基因劑量減半,通常會伴隨著大幅降低適合度。然而,單染色體缺失株仍能存活並生長,顯示出極大且正向的基因互作成分,抵消了大部分個別負面效應的總和。

Résumé

本研究探討了單染色體缺失株的生存力。首先,研究團隊成功建立了幾乎所有單染色體缺失株,並驗證了它們的基因組。結果顯示,即使預期會導致致死的多重基因缺失,單染色體缺失株仍能存活並生長,顯示出強大的正向基因互作。

為了探究這種正向基因互作的機制,研究團隊分析了單染色體缺失株的轉錄組。發現單染色體缺失株普遍上調了編碼核糖體蛋白的基因,但並未相應地上調缺失染色體上的基因。相反,這種普遍性的上調並未恢復合成所需的蛋白質比例,可能成為生長受限的關鍵因素,使其他代謝缺陷的影響大大降低。

總的來說,細胞的模塊化結構導致了總突變負荷的有效分裂。與當前決定適合度的模塊無關的缺陷至少部分地失去了相關性,產生了正向互作的表象。

Stats

單基因缺失株的相對倍增率中位數約為0.98,表明其生長能力略有降低。
預計單染色體缺失株的相對倍增率應為負值,即預期致死。
實際觀察到的單染色體缺失株的相對倍增率大多為正值,表明存在強大的正向基因互作。
單染色體缺失株的轉錄組分析顯示,編碼核糖體蛋白的基因普遍上調,但缺失染色體上的基因表達並未相應上調。

Citations

"單染色體缺失株仍能存活並生長,顯示出極大且正向的基因互作成分,抵消了大部分個別負面效應的總和。"
"細胞的模塊化結構導致了總突變負荷的有效分裂。與當前決定適合度的模塊無關的缺陷至少部分地失去了相關性,產生了正向互作的表象。"

Idées clés tirées de

Positive epistasis for fitness under monosomy: Loss of ribosomal protein stoichiometry reduces the effects of other perturbations

by Tutaj,H., To... à www.biorxiv.org 03-12-2023

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.12.532261v4

Questions plus approfondies

如果細胞的模塊化結構是產生正向基因互作的關鍵,那麼在更複雜的多細胞生物中是否也能觀察到類似的現象?

在更複雜的多細胞生物中，模塊化結構的概念同樣適用，並且可以觀察到類似的正向基因互作現象。多細胞生物的細胞組織通常由不同的細胞類型和功能模塊組成，這些模塊在生理過程中相互協作。例如，免疫系統中的不同細胞類型（如T細胞和B細胞）在應對病原體時會相互作用，這種互動可以增強整體免疫反應的效率。這種模塊化的特性使得即使某些基因或細胞功能受到損害，其他模塊仍然可以通過補償性機制來維持生物體的整體功能，從而減少對生存的影響。因此，正向基因互作在多細胞生物中也可能是由於模塊化結構的存在，這使得不同的基因和細胞功能之間能夠進行有效的協調和補償。

若單染色體缺失株的生長受限是由於蛋白質合成效率降低,那麼是否可以通過調節其他代謝過程來緩解這一問題?

是的，通過調節其他代謝過程可以緩解單染色體缺失株因蛋白質合成效率降低而導致的生長受限問題。研究顯示，單染色體缺失株在轉錄組中表現出對核糖體蛋白的普遍上調，這表明細胞試圖增加蛋白質合成的能力。然而，這種上調並未能有效恢復所需的蛋白質合成平衡，反而可能導致資源的浪費。通過調節其他代謝途徑，例如優化能量代謝或氨基酸的供應，可以提高細胞的整體代謝效率，從而支持蛋白質合成的需求。此外，調節細胞的環境條件，如提供更豐富的營養或改變培養基的組成，也可能有助於改善單染色體缺失株的生長情況，進一步緩解因蛋白質合成效率降低所帶來的負面影響。

單染色體缺失株的轉錄組變化是否也反映在蛋白質水平,以及這種變化如何影響細胞的整體功能?

單染色體缺失株的轉錄組變化並不總是直接反映在蛋白質水平上，這種不一致性可能會影響細胞的整體功能。雖然轉錄組分析顯示出某些基因的表達上調或下調，但這些變化不一定會轉化為相應的蛋白質產量。例如，研究中發現單染色體缺失株的核糖體蛋白基因表達上調，但這並未能有效改善蛋白質合成的效率，反而可能導致蛋白質合成的失衡。這種失衡可能會影響細胞的生長和代謝，因為細胞需要在合成和降解之間保持一種動態平衡。當蛋白質合成的需求無法得到滿足時，細胞可能會出現功能障礙，導致生長受限。因此，雖然轉錄組的變化提供了細胞對環境或基因變化的反應的線索，但最終的細胞功能仍然取決於蛋白質的合成、折疊和功能的有效性。