본 연구는 다양한 생물학적 시스템에서 관찰되는 현상인 군집 운동, 특히 서로 다른 종의 개체들이 혼합된 군집 운동에서 개체 간의 상호 작용을 추정하는 새로운 딥러닝 프레임워크를 제시합니다. 이 프레임워크는 그래프 신경망(GNN)과 신경 미분 방정식(Neural ODE)을 통합하여 개체의 상태를 기반으로 이체 상호 작용을 예측합니다.
군집 운동은 새떼, 물고기떼, 세포성 점균류, 미세 유영체, 백혈구 무리, 인간 군중 등 다양한 자기 추진 시스템에서 나타나는 현상입니다. 특히, 개체 간의 상호 작용은 시스템의 집단 행동을 형 gestalten하는 데 중추적인 역할을 합니다. 최근 이미징 기술의 발전으로 여러 세포 유형이 관련된 복잡한 조직 형성의 역동성을 세포 수준에서 자세히 관찰할 수 있게 되었습니다. 예를 들어, 군집 운동을 연구하기 위한 모델 유기체인 세포성 점균류는 응집, 이동 및 분화와 같은 복잡한 행동을 보입니다. 이러한 행동은 화학적 신호와 물리적 힘에 의해 매개되는 다양한 세포 유형 간의 상호 작용에 의해 주도됩니다. 이러한 상호 작용을 지배하는 기본 운동 방정식을 해독하는 것은 이러한 시스템의 창발적 속성을 이해하는 데 필수적입니다.
본 연구에서는 GNN과 신경 ODE를 통합하여 혼합 종 군집 운동에서 이체 상호 작용을 추정하는 새로운 딥러닝 프레임워크를 제시합니다. GNN은 그래프 구조 데이터에서 복잡한 상호 작용을 모델링하는 데 적합하며, 신경 ODE는 시스템의 역학을 학습하기 위한 유연한 프레임워크를 제공합니다. 이 두 가지 접근 방식을 결합하여 개별 개체 간의 상호 작용을 효과적으로 포착하고 집단 행동을 예측할 수 있습니다.
각 개체의 상태는 시간에 따라 변하는 변수와 고정된 변수로 표현됩니다. 개체 간의 거리를 기반으로 상호 작용 여부를 정의하고, 각 개체의 운동은 Langevin 방정식을 사용하여 모델링합니다.
임의의 시간에서 시스템은 방향 그래프로 나타낼 수 있습니다. 개체는 정점, 상호 작용하는 개체 쌍은 에지를 나타내며, 각 정점과 에지에는 각각 자기 추진력과 상호 작용력이 작용합니다.
시간에 따라 변하는 군집 개체의 상태를 얻기 위해서는 운동 방정식을 평가해야 합니다. 이를 위해 신경 ODE(SDE)를 GNN에 연결하는 사용자 지정 래퍼를 사용합니다. 래퍼는 각 시간 지점에서 에지를 정의하는 거리 함수와 임계값, 자기 추진력과 상호 작용력을 계산하는 함수, 노이즈 강도를 갖추고 있습니다.
훈련 데이터를 생성하기 위해 적절한 매개값과 힘의 형태를 지정하여 시뮬레이션을 수행합니다. 시뮬레이션은 여러 번 반복되며, 각 시뮬레이션 결과는 훈련 데이터 세트에 추가됩니다.
자기 추진력과 상호 작용력 함수는 신경망을 사용하여 모델링됩니다. 이러한 함수는 일반적으로 스케일링 레이어가 뒤따르는 3층 완전히 연결된 네트워크로 구성됩니다. 완전히 연결된 각 레이어는 활성화 함수로 ELU를 사용하여 128개의 노드로 구성됩니다. 스케일링 레이어는 학습 가능한 매개변수로 스칼라와 벡터를 포함하며, 입력 벡터를 적절하게 스케일링하여 물리적 스케일을 반영합니다.
제안된 방법의 효능을 입증하기 위해 두 가지 수치 실험을 수행했습니다.
첫 번째 실험에서는 장난감 모델을 사용하여 자기 추진력과 상호 작용력을 추정할 수 있음을 보여주었습니다. 조화 발진기로 연결된 입자 시스템을 사용하여 시뮬레이션을 수행하고, 제안된 방법을 적용하여 상호 작용력과 마찰력을 추정했습니다. 그 결과, 제안된 방법은 마찰 상수와 훈련 데이터 세트 크기에 따라 추정 정확도가 달라지는 것을 확인했습니다.
두 번째 실험에서는 여러 종 간의 상호 작용이 있는 복잡한 시스템에서 제안된 방법을 테스트하기 위해 실제 군집 운동을 모방하는 보다 복잡한 모델을 사용하여 시뮬레이션을 수행했습니다. 이 모델에서 각 개체는 위치, 방향 및 종 유형을 가지며, 주기적인 경계 조건을 따릅니다. 개체의 운동 방정식은 자기 추진 속도, 제외된 부피 상호 작용의 강도, 접촉 추종 및 주화성의 강도, 화학 유인 물질의 확산 길이, 노이즈 강도 및 수정된 2종 베셀 함수를 사용하여 설명됩니다. 시뮬레이션 결과, 제안된 방법은 혼합 종 군집 운동에서 개체 간의 비상호적 상호 작용을 효과적으로 추정할 수 있음을 확인했습니다.
본 연구에서는 GNN과 신경 ODE를 결합하여 군집 운동 모델 내 개체 간의 상호 작용을 추정하는 새로운 방법을 제시했습니다. 이 방법은 간단한 모델과 복잡한 혼합 종 군집 운동 모델 모두에서 상호 작용을 추정할 수 있음을 보여주었습니다. 특히, 점균류의 집단 역학에 대한 복잡한 혼합 종 모델에서 서로 다른 종 간의 비상호적 상호 작용을 성공적으로 추론했습니다. 이 접근 방식에서 에지 구조를 지속적으로 업데이트하면 메모리 요구 사항이 크게 줄어듭니다. 에지 밀도가 2%인 400개 본체 시뮬레이션에서 완전히 연결된 그래프에 필요한 200GB 메모리가 30GB로 줄어들어 기성 GPU에서도 실행 가능합니다. 그러나 이 접근 방식은 추정에 필요한 시간이 길다는 제한 사항이 있습니다. 또한 현재 방법은 결정론적 운동 방정식을 추정하고 쌍별 상호 작용만 고려하므로 3개 이상의 본체 간의 상호 작용이나 노이즈의 영향을 고려하지 않습니다. 향후 연구에서는 보다 일반적인 상호 작용을 추정하고 확률적 운동 방정식에 대한 방법을 개발하기 위해 이 접근 방식을 확장할 것으로 예상됩니다. 면역 세포와 같은 시스템의 실제 데이터에 본 연구의 방법을 적용하면 이동 전략의 배후에 있는 복잡한 규칙을 명확히 하는 데 도움이 될 것입니다.
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by Masahito Uwa... alle arxiv.org 11-19-2024
https://arxiv.org/pdf/2405.16503.pdfDomande più approfondite