核心概念
単一分子シーケンシング技術を用いて、DNA 鎖上のミスマッチや損傷を高精度に検出し、それらの特徴的なパターンを明らかにした。
摘要
本研究では、単一分子長鎖シーケンシング法 (HiDEF-seq) を開発し、DNA 二本鎖のいずれか一方または両方に存在するミスマッチや損傷を高精度に検出することに成功した。134 の多様な組織サンプルを解析した結果、ミスマッチや損傷の特徴的な一本鎖シグネチャーを見出した。これらのシグネチャーは、既知の二本鎖変異シグネチャーとの対応関係を示しており、変異の発生初期段階の lesion を特定することができた。ミスマッチ修復欠損と DNA ポリメラーゼのプルーフリーディング欠損を持つ腫瘍では、ポリメラーゼプルーフリーディング欠損のみの場合とは異なる一本鎖ミスマッチパターンが観察された。さらに、APOBEC3A による一本鎖 DNA 損傷シグネチャーも定義された。ミトコンドリア DNA においては、主に複製過程で生じる変異メカニズムが示唆された。二本鎖 DNA 変異は変異プロセスの最終段階にすぎないため、本手法による一本鎖変異の高精度検出は、がんや加齢などの様々な文脈における変異発生メカニズムの解明に貢献すると期待される。
統計資料
134 の多様な組織サンプルを解析した。
ミスマッチ修復欠損と DNA ポリメラーゼのプルーフリーディング欠損を持つ腫瘍では、ポリメラーゼプルーフリーディング欠損のみの場合とは異なる一本鎖ミスマッチパターンが観察された。
引述
「二本鎖 DNA 変異は変異プロセスの最終段階にすぎない」
「本手法による一本鎖変異の高精度検出は、がんや加齢などの様々な文脈における変異発生メカニズムの解明に貢献すると期待される」