以快速多極子方法(FMM)在GROMACS中進行恆定pH模擬

本文提出了一種高效的哈密頓插值法(HI)實現,用於在GROMACS中進行大規模蛋白質系統的恆定pH分子動力學模擬。該方法利用快速多極子方法(FMM)預先計算的電荷縮放哈密頓量,可以在幾乎無額外計算開銷的情況下計算正確的HI力。