本研究では、真核生物の染色体構造、特にTADの端点決定メカニズムについて、ループ押し出しモデルと境界:境界対合モデルの2つのモデルを検証した。
まず、ショウジョウバエの even skipped (eve) 遺伝子座の染色体構造をMicroCで解析した。その結果、eveのTADは典型的な茎状ループ構造を示し、この構造は境界:境界対合モデルで予測されるものと一致した。一方、ループ押し出しモデルで予想される特徴的な斜めの交差リンク縞は観察されなかった。
次に、eveのTAD境界要素homieを用いた遺伝子組換え実験を行った。その結果、homieの向きを変えることで、レポーター遺伝子の発現パターンが変化した。この結果は境界:境界対合モデルの予測と一致するが、ループ押し出しモデルの予測とは矛盾する。
以上の結果から、ショウジョウバエの染色体構造はループ押し出しではなく、境界要素同士の物理的な対合によって決定されることが示された。本研究は、真核生物の染色体構造形成メカニズムの理解に重要な知見を提供している。
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by Bing,X., Ke,... kl. www.biorxiv.org 11-17-2023
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