Concepts de base
NeuroMLは、神経系の特性を多階層にわたって統合的に理解するための標準化されたモデリング言語であり、それを支えるエコシステムにより、オープンで再現性の高い研究を促進する。
Résumé
本論文では、NeuroMLバージョン2の概要と、それを支えるソフトウェアエコシステムについて説明している。
NeuroMLは、神経細胞の形態、生理学的特性、ネットワーク構造など、さまざまな階層の神経系モデルを記述するための標準化された言語である。NeuroMLv2では、モデルの構造と動力学を完全に機械可読な形式で定義できるようになり、シミュレーターに依存せずにモデルを記述、検証、シミュレーション、共有できるようになった。
NeuroMLを中心とした大規模なソフトウェアエコシステムが構築されており、モデルの作成、検証、可視化、シミュレーション、最適化、共有など、モデル開発のライフサイクル全般をサポートしている。これにより、神経科学研究におけるモデリングの利用が大幅に促進されている。
NeuroMLは、オープンな標準化プロセスと、国際的な組織との連携により維持・発展されている。また、FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) の原則に基づいて設計されており、オープンで再現性の高い研究を支援する。
Stats
神経系の特性を多階層にわたって統合的に理解するためのモデリングは重要である。
生物学的詳細度の高いモデルの構築と再利用は複雑であり、さまざまなツールが開発されているが、それらの違いが障壁となっている。
NeuroMLは、モデルの構造と動力学を完全に機械可読な形式で定義できるようにすることで、モデルの相互運用性を高めている。
NeuroMLを中心としたソフトウェアエコシステムにより、モデル開発のライフサイクル全般をサポートしている。
Citations
"Development of an in-depth, mechanistic understanding of brain function in health and disease requires different scientific approaches spanning multiple scales, from gene expression to behavior."
"NeuroML, a model description language for computational neuroscience, was developed to address this fragmentation in modeling tools."
"NeuroMLv2 retains all the features of NeuroMLv1—it remains modular, declarative, and continues to support multiple simulation engines—but unlike version 1, it is extensible, and all specifications are fully machine-readable."