단백질 결합 부위를 설계하기 위해 FLOWSITE는 단백질 백본 구조와 리간드의 화학 그래프를 입력으로 받아 결합 부위의 아미노산 잔기 유형과 리간드의 3D 결합 구조를 동시에 생성한다.