신경기호 학습 시스템은 신경망 예측이 논리적 제약을 준수하도록 하기 위해 확률적 추론을 사용하지만, 이 과정에서 기호들의 확률이 입력에 대해 조건부 독립이라는 강한 가정을 한다. 이 가정은 최적화와 불확실성 정량화를 저해할 수 있다.