유럽 생물다양성을 위한 참조 유전체 지원을 위한 표본 및 관련 메타데이터 수집

Core Concepts

유럽 참조 유전체 지도(ERGA) 컨소시엄은 유럽 전역의 진핵생물 생물다양성에 대한 참조 유전체 카탈로그를 구축하는 것을 목표로 하고 있다. 이를 위해 ERGA는 표본 및 관련 메타데이터 수집을 통해 참조 유전체 구축을 지원하고 있다.

Abstract

ERGA 컨소시엄은 유럽 전역의 진핵생물 생물다양성에 대한 참조 유전체 카탈로그를 구축하는 것을 목표로 하고 있다. 이를 위해 ERGA는 표본 및 관련 메타데이터 수집을 통해 참조 유전체 구축을 지원하고 있다. ERGA 표본 및 시료 처리 위원회(SSP)는 자발적인 전문가들로 구성되어 있으며, 다음과 같은 역할을 수행한다: i) 표본/표본 메타데이터 수집을 위한 표준 수립 ii) 유전체 염기서열 결정 대상 종 우선순위 선정 iii) 종 특이적 수집 지침 개발 및 물류 지원 SSP는 ERGA의 분산형 유전체 인프라에 대한 표본 제공자의 진입점 역할을 하며, ERGA의 높은 품질 기준이 표본 수집 및 처리 전반에 걸쳐 준수되도록 보장한다. 표본 제공자, 프로젝트, 컨소시엄, 기관 등이 증가함에 따라, 본 논문은 표준화된 운영 절차 및 표본 제공자 지원 체계 개발 과정에서 얻은 중요한 경험과 교훈을 공유한다. 또한 FAIR 및 CARE 원칙 적용, 종 우선순위 선정, 워크플로 개발 등에 대한 경험을 제공한다.

Stats

참조 유전체 생산을 위해 제안된 276종 중 98종이 최종 선정되었다. 선정된 98종은 15개 문(phylum)에 걸쳐 있으며, 34개국 또는 지역에서 제안되었다. 선정된 종 중 37%는 멸종위기/상징종, 12%는 수분매개자로 고려되었다. 선정된 종의 28%는 토착종, 26%는 멸종위기종이었으며, 25%는 특정 과학적 질문을 해결하기 위해 선정되었다. 선정된 종의 계획된 주요 분석은 집단유전체학(38%)과 비교유전체학(27%)이었다.

Quotes

"ERGA는 생물다양성 보전, 진화, 생태학 등의 분야를 새로운 차원으로 끌어올릴 잠재력이 있다." "참조 유전체는 새로운 자연사 표본이 되며, 종 동정 확인, 데이터 품질 보증, 분류학적 개정 시 활용될 수 있다."

Key Insights Distilled From

Contextualising samples: Supporting reference genomes of European biodiversity through sample and associated metadata collection

by Boehne,A., F... at www.biorxiv.org 06-30-2023

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.28.546652v3

Deeper Inquiries

ERGA와 같은 대규모 생물다양성 유전체 프로젝트에서 발생할 수 있는 다른 편향성은 무엇이 있을까?

대규모 생물다양성 유전체 프로젝트에서 발생할 수 있는 다른 편향성은 여러 가지가 있을 수 있습니다. 먼저, 세계 각 지역의 생물다양성에 대한 접근성의 차이로 인한 지역적 편향성이 있을 수 있습니다. 특정 지역의 생물종이 다른 지역에 비해 더 많이 연구되거나 더 많은 유전체 데이터가 생성될 수 있습니다. 또한, 특정 생물군이나 특정 유전체 특성에 대한 연구가 다른 생물군에 비해 우선적으로 이루어질 수 있으며, 이는 결과적으로 데이터의 불균형을 초래할 수 있습니다. 또한, 연구자들의 관심이나 전문성에 따라 특정 생물군이나 특정 특성에 대한 연구가 과도하게 집중될 수도 있습니다. 이러한 편향성은 데이터의 완전성과 다양성을 제한하고 결과의 타당성을 저해할 수 있습니다.

ERGA의 표본 수집 및 처리 지침이 다른 생물다양성 유전체 이니셔티브에 어떻게 활용될 수 있을까?

ERGA의 표본 수집 및 처리 지침은 다른 생물다양성 유전체 이니셔티브에 많은 도움이 될 수 있습니다. 이러한 지침은 표본 수집의 표준화와 데이터의 품질 향상을 도모하며, 연구자들이 데이터를 보다 쉽게 비교하고 활용할 수 있도록 돕습니다. 또한, 이러한 지침은 윤리적인 측면과 법적인 측면을 고려하여 표본 수집 및 처리 과정을 보다 효율적으로 관리할 수 있도록 지원합니다. 다른 생물다양성 유전체 이니셔티브에서도 ERGA의 경험과 지침을 참고하여 표본 수집 및 처리 프로세스를 개선하고 표준화할 수 있습니다. 이를 통해 데이터의 품질과 일관성을 향상시키고, 다양한 이니셔티브 간의 협력을 촉진할 수 있습니다.

유전체 데이터와 전통지식 및 토착권리의 연계를 강화하기 위한 방안은 무엇일까?

유전체 데이터와 전통지식 및 토착권리의 연계를 강화하기 위해서는 CARE와 FAIR 원칙을 적극적으로 적용해야 합니다. 이를 통해 데이터의 공정성, 투명성, 윤리성을 보장하고, 전통지식과 토착권리를 존중하며 포용할 수 있습니다. 또한, 전통지식과 토착권리를 적절히 문서화하고 공유하기 위한 메타데이터 표준을 개발하고 이를 유전체 데이터와 연계시키는 방안을 모색해야 합니다. 이를 통해 전통지식 보존과 유전체 데이터의 활용을 조화롭게 이룰 수 있으며, 지식의 상호교류와 협력을 촉진할 수 있습니다. 이러한 노력은 유전체 연구의 윤리적 측면을 강화하고, 지식의 다양성을 존중하는데 기여할 것으로 기대됩니다.