Die Dissertation konzentriert sich auf die Entwicklung innovativer Computertechniken zur Verfolgung von Aktinfilamenten in Cryo-ET-Bildern.
BundleTrac ist ein Computerwerkzeug, das entwickelt wurde, um bündelartige Aktinfilamente im Schaftbereich von Stereozilien zu verfolgen. Es nutzt eine Längsschnittmittelung entlang der Bündelrichtung, um das Signal zu verbessern, und eine 2D-Faltungsoptimierung mit einem hexagonalen Kernel, um die Filamente zu verfolgen.
Spaghetti Tracer ist ein Werkzeug, das entwickelt wurde, um einzelne Filamente im Verjüngungsbereich von Stereozilien zu verfolgen, wo die Filamentbewegungen nicht kollektiv sind. Es verwendet einen pfadbasierten Dichteanreicherungsalgorithmus, um anfängliche Filamentabschnitte zu erzeugen und diese dann zusammenzuführen, um die endgültigen Filamentspuren zu erhalten.
Struwwel Tracer ist ein robustes und generalisierbares Mehrdirektions-Filamentverfolgungswerkzeug, das in der Lage ist, Filamente in einem hochdynamischen Aktinnetzwerk zu verfolgen. Es folgt einem ähnlichen Prinzip wie Spaghetti Tracer, verwendet aber einen lokal optimierten Dynamischen-Programmier-Algorithmus, um Filamentabschnitte in verschiedene Richtungen zu umreißen.
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by Salim Sazzed at arxiv.org 03-27-2024
https://arxiv.org/pdf/2403.17293.pdfDeeper Inquiries