Core Concepts
本論文では、符号付き順列をソートするための新しいO(n log n)時間アルゴリズムを提案する。このアルゴリズムは簡単に実装でき、隠れた定数も小さい。
Abstract
本論文では、符号付き順列をソートするための新しいアルゴリズムを提案している。
背景:
1937年にバイオロジストのSturtevantとTanが、遺伝子を表す順列を最小の反転操作列で変換する問題を提起した。
1982年に最初のヒューリスティックアルゴリズムが提案された。
1990年代に、符号付き順列のソーティング問題が注目を集めるようになった。
これまでに多くの研究が行われ、最良のアルゴリズムはO(n log^2 n / log log n)の時間計算量を持つ。
提案アルゴリズム:
本論文では、O(n log n)時間で動作する新しいアルゴリズムを提案する。
このアルゴリズムは簡単に実装でき、隠れた定数も小さい。
アルゴリズムの核心は、Tannier et al.のリカバリー手法を効率的に活用することにある。
主な手法:
順列をバイナリサーチツリーで表現し、反転操作をツリー上の操作に対応させる。
最大負数と最小負数を効率的に管理することで、良い反転操作を見つけやすくする。
リカバリー時に不要な要素を無視できるよう、集合QMとQmを維持する。
結果:
提案アルゴリズムはO(n log n)時間で動作し、簡単な実装と小さな隠れ定数を持つ。
これは、符号付き順列ソーティングの最良のアルゴリズムである。