欧州生物多様性のリファレンスゲノムを支援するためのサンプルと関連メタデータの収集

Core Concepts

欧州生物多様性のリファレンスゲノムカタログを作成するための、サンプル収集とメタデータ管理の標準化

Abstract

欧州リファレンスゲノムアトラス(ERGA)コンソーシアムは、欧州全域の真核生物の生物多様性に対するリファレンスゲノムカタログを作成することを目的としている。このミッションの基盤となる生物学的資料、すなわち標本とそこから得られるサンプルは、ERGAのパンヨーロッパネットワークを通じて提供される。
ERGAパイロットプロジェクトの一環として、サンプリングとサンプル処理委員会(SSP)が設立された。SSPの目的は、i)サンプル/標本メタデータの収集基準の確立、ii)ゲノム解析対象種の優先順位付け、iii)タクソン別のサンプル収集ガイドラインの開発、などを通じて、参加研究者をサポートすることである。
SSPは、サンプル提供者とERGAのゲノムリソース生産インフラストラクチャーとの接点となり、サンプル収集と処理の全工程でERGAの高品質基準が遵守されることを保証する。
ゲノミクスリソースに関心を持つ研究者、プロジェクト、コンソーシアム、組織が増加する中で、本論文では標準化された運用手順と、サンプル提供者支援システムの開発における重要な経験と教訓を共有する。FAIR原則とCARE原則の導入、種の優先順位付け、ワークフロー開発などについての経験は、個人や他の取り組みにも役立つと考えられる。

Stats

98種のゲノムが34の提供国から生産される予定である。
種の選定基準の中で、実現可能性に関する6つの基準が最も重要であった。
最終的に選定された種の37%が絶滅危惧種/象徴的種、12%が受粉者であった。
生成されたリファレンスゲノムの多くは、固有種(28%)、絶滅危惧種(26%)、特定の科学的疑問に答えるため(25%)に選定された。
計画されている主な解析は集団ゲノミクス(38%)と比較ゲノミクス(27%)である。

Quotes

"リファレンスゲノムは新しい基準となる。標本は永続的で検証可能な記録を提供し、時間とともにどのように世界が変化してきたかを示す。"
"メタデータ、サンプル、派生配列データを最初から確実にリンクさせることが重要である。そうしないと、時間の経過とともにリンクする機会が大幅に減少する。"
"先住民の権利と利益の開示を支援するメタデータオントロジーを開発することで、先住民の知識体系がERGAのプロセス全体に浸透する機会を提供した。"

Key Insights Distilled From

Contextualising samples: Supporting reference genomes of European biodiversity through sample and associated metadata collection

by Boehne,A., F... at www.biorxiv.org 06-30-2023

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.28.546652v3

Deeper Inquiries

先住民の知識と権利を組み込むことで、生物多様性ゲノミクスの実践にどのような影響が期待できるか。

先住民の知識と権利を組み込むことにより、生物多様性ゲノミクスの実践にはいくつかの重要な影響が期待されます。まず第一に、先住民の知識や伝統的な知識システムを尊重し取り入れることで、研究における倫理的な側面が強化されます。これにより、研究活動がより包括的で持続可能なものとなり、先住民コミュニティとの信頼関係が築かれます。また、先住民の知識や権利を考慮することで、研究成果やデータの活用がより広範囲にわたる可能性があります。さらに、先住民の知識を取り入れることで、生物多様性の保全や持続可能な資源管理においてより効果的なアプローチが可能となります。

種の選定プロセスにおいて、実現可能性以外の基準をどのように強化できるか。

種の選定プロセスにおいて、実現可能性以外の基準を強化するためには、科学的、技術的、社会的な基準をより明確に定義し、重視する必要があります。例えば、科学的な基準としては、種の重要性や緊急性、生態系への影響などを考慮することが重要です。技術的な基準としては、遺伝子解析やデータ処理の複雑さや効率性を考慮することが挙げられます。社会的な基準としては、地域社会や関係者の関心やニーズ、倫理的な観点などを考慮することが重要です。これらの基準を明確にし、選定プロセスに組み込むことで、よりバランスの取れた種の選定が可能となります。

生物多様性ゲノミクスにおける地理的バイアスや分類学的バイアスをどのように軽減できるか。

地理的バイアスや分類学的バイアスを軽減するためには、いくつかのアプローチが考えられます。まず、地理的バイアスを軽減するためには、より広範囲な地域からサンプルを収集し、地理的な偏りを解消する必要があります。さらに、地域社会や地域の専門家との協力を強化し、地域特有の生物多様性に焦点を当てることが重要です。分類学的バイアスを軽減するためには、より多様な分野の専門家や研究者を巻き込み、幅広い分類群に焦点を当てることが重要です。さらに、サンプリングガイドラインや標本収集の標準化を推進し、分類学的な偏りを最小限に抑える取り組みが必要です。これらの取り組みを通じて、地理的バイアスや分類学的バイアスを軽減し、より包括的な生物多様性ゲノミクス研究を推進することが可能となります。