Core Concepts
유럽 참조 유전체 지도(ERGA) 컨소시엄은 유럽 전역의 진핵생물 생물다양성에 대한 참조 유전체 카탈로그를 구축하는 것을 목표로 하고 있다. 이를 위해 ERGA는 표본 및 관련 메타데이터 수집을 통해 참조 유전체 구축을 지원하고 있다.
Abstract
ERGA 컨소시엄은 유럽 전역의 진핵생물 생물다양성에 대한 참조 유전체 카탈로그를 구축하는 것을 목표로 하고 있다. 이를 위해 ERGA는 표본 및 관련 메타데이터 수집을 통해 참조 유전체 구축을 지원하고 있다.
ERGA 표본 및 시료 처리 위원회(SSP)는 자발적인 전문가들로 구성되어 있으며, 다음과 같은 역할을 수행한다:
i) 표본/표본 메타데이터 수집을 위한 표준 수립
ii) 유전체 염기서열 결정 대상 종 우선순위 선정
iii) 종 특이적 수집 지침 개발 및 물류 지원
SSP는 ERGA의 분산형 유전체 인프라에 대한 표본 제공자의 진입점 역할을 하며, ERGA의 높은 품질 기준이 표본 수집 및 처리 전반에 걸쳐 준수되도록 보장한다.
표본 제공자, 프로젝트, 컨소시엄, 기관 등이 증가함에 따라, 본 논문은 표준화된 운영 절차 및 표본 제공자 지원 체계 개발 과정에서 얻은 중요한 경험과 교훈을 공유한다. 또한 FAIR 및 CARE 원칙 적용, 종 우선순위 선정, 워크플로 개발 등에 대한 경험을 제공한다.
Stats
참조 유전체 생산을 위해 제안된 276종 중 98종이 최종 선정되었다.
선정된 98종은 15개 문(phylum)에 걸쳐 있으며, 34개국 또는 지역에서 제안되었다.
선정된 종 중 37%는 멸종위기/상징종, 12%는 수분매개자로 고려되었다.
선정된 종의 28%는 토착종, 26%는 멸종위기종이었으며, 25%는 특정 과학적 질문을 해결하기 위해 선정되었다.
선정된 종의 계획된 주요 분석은 집단유전체학(38%)과 비교유전체학(27%)이었다.
Quotes
"ERGA는 생물다양성 보전, 진화, 생태학 등의 분야를 새로운 차원으로 끌어올릴 잠재력이 있다."
"참조 유전체는 새로운 자연사 표본이 되며, 종 동정 확인, 데이터 품질 보증, 분류학적 개정 시 활용될 수 있다."