Core Concepts
PhysiCell Studio는 사용자가 에이전트 기반 다세포 시뮬레이션 모델을 쉽게 구축, 실행 및 시각화할 수 있도록 하는 그래픽 사용자 인터페이스 도구입니다.
Abstract
PhysiCell Studio는 다세포 모델을 구축하는 데 도움이 되는 그래픽 사용자 인터페이스 도구입니다. 이 도구를 통해 사용자는 모델의 기본 객체(세포 유형, 기질 등)를 편집하고, 초기 조건을 정의하며, 시뮬레이션을 실행하고 결과를 시각화할 수 있습니다.
PhysiCell Studio는 여러 단계를 거쳐 개발되었습니다. 처음에는 Jupyter 노트북 기반의 GUI를 만들었고, 이후 데스크톱 애플리케이션으로 발전시켰습니다. 이 과정에서 많은 사용자 피드백을 반영하여 기능을 개선했습니다.
PhysiCell Studio의 주요 기능은 다음과 같습니다:
세포 유형, 기질, 사용자 매개변수 등 모델 객체 생성/편집/삭제
세포 초기 조건 그래픽 인터페이스를 통한 정의
시뮬레이션 실행 및 결과 시각화(2D, 3D)
세포 행동 규칙 정의를 위한 그래픽 인터페이스
PhysiCell Studio는 오픈 소스 프로젝트로, 지속적인 커뮤니티 기여와 피드백을 통해 발전하고 있습니다.
Stats
모델에는 700개 이상의 매개변수가 정의되어 있습니다.
COVID-19 PhysiCell 모델에는 8개의 세포 유형과 11개의 기질이 정의되어 있습니다.
Quotes
"XML은 사람이 편집하기 어려운 형식이므로, 그래픽 사용자 인터페이스를 통해 모델을 편집하는 것이 더 쉽습니다."
"그래픽 사용자 인터페이스를 통해 모델을 빠르게 프로토타이핑할 수 있으며, 입력 오류를 줄일 수 있습니다."