Core Concepts
다양한 공간 전사체 프로파일링 기술을 비교 분석하여 각 기술의 민감도와 특이도를 평가하고, 이를 통해 기술 간 성능 차이를 이해하고자 한다.
Abstract
이 연구는 공간 전사체 프로파일링 기술 6종을 비교 분석하였다. 상업용 및 학계 개발 기술을 포함하며, 마우스 뇌 데이터셋을 활용하였다.
표준 민감도 지표인 세포당 검출 유일 분자 수는 기술 간 직접 비교가 어려웠는데, 이는 분자 인공산물로 인한 특이도 차이 때문이었다. 이를 해결하기 위해 분자 인공산물의 잠재적 원인을 탐색하고, 이를 통제할 수 있는 새로운 지표를 개발하였다. 이를 활용하여 기술 간 성능을 비교 평가하였다.
또한 분자 위양성이 공간 차등 발현 분석을 심각하게 왜곡할 수 있음을 보여주었다. 이는 결과 해석 시 주의가 필요함을 시사한다.
이 분석은 공간 전사체 기술 선택, 처리, 해석 시 민감도와 특이도를 고려해야 함을 보여준다.
Stats
세포당 평균 검출 분자 수는 EEL FISH에서 42개로 가장 낮았고, Xenium에서 297개로 가장 높았다.
표적 유전자 수는 Molecular Cartography에서 99개로 가장 적었고, MERFISH에서 1,147개로 가장 많았다.
7개 유전자만이 6개 기술 모두에서 표적되었다.
Quotes
"표준 민감도 지표, 즉 세포당 검출 유일 분자 수는 기술 간 직접 비교가 어려웠는데, 이는 분자 인공산물로 인한 특이도 차이 때문이었다."
"분자 위양성이 공간 차등 발현 분석을 심각하게 왜곡할 수 있음을 보여주었다. 이는 결과 해석 시 주의가 필요함을 시사한다."