単一分子シーケンシングによって明らかになった DNA ミスマッチと損傷パターン

核心概念

単一分子シーケンシング技術を用いて、DNA 鎖上のミスマッチや損傷を高精度に検出し、それらの特徴的なパターンを明らかにした。

要約

本研究では、単一分子長鎖シーケンシング法 (HiDEF-seq) を開発し、DNA 二本鎖のいずれか一方または両方に存在するミスマッチや損傷を高精度に検出することに成功した。134 の多様な組織サンプルを解析した結果、ミスマッチや損傷の特徴的な一本鎖シグネチャーを見出した。これらのシグネチャーは、既知の二本鎖変異シグネチャーとの対応関係を示しており、変異の発生初期段階の lesion を特定することができた。ミスマッチ修復欠損と DNA ポリメラーゼのプルーフリーディング欠損を持つ腫瘍では、ポリメラーゼプルーフリーディング欠損のみの場合とは異なる一本鎖ミスマッチパターンが観察された。さらに、APOBEC3A による一本鎖 DNA 損傷シグネチャーも定義された。ミトコンドリア DNA においては、主に複製過程で生じる変異メカニズムが示唆された。二本鎖 DNA 変異は変異プロセスの最終段階にすぎないため、本手法による一本鎖変異の高精度検出は、がんや加齢などの様々な文脈における変異発生メカニズムの解明に貢献すると期待される。

統計

134 の多様な組織サンプルを解析した。
ミスマッチ修復欠損と DNA ポリメラーゼのプルーフリーディング欠損を持つ腫瘍では、ポリメラーゼプルーフリーディング欠損のみの場合とは異なる一本鎖ミスマッチパターンが観察された。

引用

「二本鎖 DNA 変異は変異プロセスの最終段階にすぎない」
「本手法による一本鎖変異の高精度検出は、がんや加齢などの様々な文脈における変異発生メカニズムの解明に貢献すると期待される」

抽出されたキーインサイト

DNA mismatch and damage patterns revealed by single-molecule sequencing - Nature

by Mei Hong Liu... 場所 www.nature.com 06-12-2024

https://www.nature.com/articles/s41586-024-07532-8

深掘り質問

一本鎖 DNA 変異の特徴的なパターンと、それらが引き起こす表現型や疾患との関係はどのようなものか。

一本鎖 DNA 変異は、DNAの一方の鎖における塩基の不一致や損傷から始まります。これらの変異が修復されないか、不適切に修復されると、二本鎖の変異に進展します。HiDEF-seqによる研究では、これらの一本鎖イベントを単一分子の精度で解析し、特定の組織やがんの発症傾向を持つ個体から得られたサンプルを用いて、一本鎖不一致や損傷の特徴を明らかにしました。これにより、これらの一本鎖のシグネチャと既知の二本鎖変異のシグネチャとの対応関係が明らかになり、初期の損傷の正体が解明されました。特に、ミスマッチ修復と複製ポリメラーゼの校正機能の両方が不全となっている腫瘍は、単にポリメラーゼの校正機能のみが不全となっているサンプルと比較して、異なる一本鎖不一致パターンを示すことが明らかになりました。

一本鎖 DNA 変異の修復メカニズムはどのように機能しているのか、その破綻がどのように変異の蓄積につながるのか。

一本鎖 DNA 変異の修復メカニズムには、ミスマッチ修復や塩基エクシジョン修復などが含まれます。これらのメカニズムが正常に機能しない場合、一本鎖の不一致や損傷が修復されずに残り、二本鎖変異へと進展します。特に、ミスマッチ修復と複製ポリメラーゼの校正機能の両方が欠如している腫瘍では、一本鎖不一致パターンが異なることが観察されました。これにより、修復メカニズムの破綻が変異の蓄積にどのように関連しているかが明らかになりました。

一本鎖 DNA 変異の発生メカニズムと、細胞の恒常性維持システムとの関係はどのように理解できるか。

一本鎖 DNA 変異の発生メカニズムは、DNAの一方の鎖における塩基の不一致や損傷から始まります。これらの変異が修復されないか、不適切に修復されると、二本鎖の変異に進展します。細胞は、ミスマッチ修復や他の修復メカニズムを通じてDNAの損傷を修復しようとしますが、これらのメカニズムが破綻すると変異が蓄積します。細胞は恒常性を維持するために、DNAの損傷や変異に対処する機構を持っていますが、これらのメカニズムが不完全である場合、変異が蓄積しやすくなります。一本鎖 DNA 変異の発生メカニズムと細胞の恒常性維持システムの関係は、変異の蓄積や疾患の発症につながる重要な要素となります。