Główne pojęcia
이 연구는 Coccomyxa viridis SAG 216-4의 고품질 염색체 규모 유전체 조립과 주석을 제공합니다. 이를 통해 이 공생 미세조류의 분자 메커니즘을 이해하는 데 도움이 될 것입니다.
Streszczenie
이 연구는 Coccomyxa viridis SAG 216-4의 고품질 유전체 조립과 주석을 제공합니다. 주요 결과는 다음과 같습니다:
PacBio HiFi, Oxford Nanopore 및 Hi-C 시퀀싱을 사용하여 50.9 Mb 크기의 유전체를 21개의 스캐폴드로 조립했습니다. 19개의 스캐폴드는 핵 염색체를 나타내며, 2개의 스캐폴드는 각각 엽록체와 미토콘드리아 유전체를 나타냅니다.
13,557개의 단백질 코딩 유전자를 주석화했으며, 이 중 68%가 PFAM 도메인을 가지고 있고 962개가 분비 신호 펩타이드를 가지고 있습니다. BUSCO 분석 결과 유전자 주석의 완성도가 98.6%로 매우 높습니다.
반복 서열 분석 결과 유전체의 8.9%가 반복 서열로 구성되어 있습니다. 이는 근연종 C. subellipsoidea C-169의 7.2%와 유사한 수준입니다.
C. viridis와 C. subellipsoidea 간의 유전체 구문성 분석 결과 두 종 간에 거의 유사성이 없는 것으로 나타났습니다. 이는 이 두 종이 진화적으로 상당히 멀리 떨어져 있음을 시사합니다.
이 고품질 유전체 조립과 주석은 Coccomyxa 공생체의 분자 메커니즘을 이해하는 데 중요한 자원이 될 것입니다.
Statystyki
유전체 크기: 50.9 Mb
스캐폴드 수: 21개
N50: 2.7 Mb
BUSCO 완성도: 98.6%
단백질 코딩 유전자 수: 13,557개
반복 서열 비율: 8.9%
Cytaty
"이 고품질 유전체 조립과 주석은 Coccomyxa 공생체의 분자 메커니즘을 이해하는 데 중요한 자원이 될 것입니다."