Der Artikel stellt FLOWSITE vor, ein Framework zur gemeinsamen Generierung von Bindungstaschenresten und Ligandstrukturen für das Multi-Liganden-Docking.
Zunächst wird HARMONICFLOW entwickelt, ein verbesserter generativer Prozess für 3D-Protein-Liganden-Bindungsstrukturen basierend auf einem selbstbedingten Flow-Matching-Ziel. FLOWSITE erweitert dieses Flow-Modell, um diskrete Rückstandstypen der Bindungstasche und die 3D-Struktur des Liganden gemeinsam zu generieren.
HARMONICFLOW zeigt Verbesserungen gegenüber dem Stand der Technik bei Einfachheit, Allgemeinheit und durchschnittlicher Samplingqualität im Docking auf Taschenniveau. Basierend darauf entwirft FLOWSITE Bindungstaschen deutlich besser als bisherige Ansätze.
Die Experimente zeigen, dass FLOWSITE konsistent die ursprünglichen Bindungstaschen besser wiederherstellen kann als einfachere Behandlungen des (Multi-)Liganden, und den Abstand zur Orakelmethode, die Zugriff auf die tatsächliche 3D-Struktur des Liganden hat, fast schließt.
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