Основные понятия
ナノポア直接RNA解析における正確な RNA 修飾検出のためには、修飾のない転写物を負の対照として使用することが重要である。本研究では、6つの不死化ヒト細胞株から得られた修飾のない IVT 転写物データセットを提供し、これらのデータを RNA 修飾解析に活用する方法を示した。
Аннотация
本研究では、ナノポア直接RNA配列(DRS)を用いて、6つの不死化ヒト細胞株(A549、HeLa、HepG2、Jurkat、NTERA、SH-SY5Y)から得られた修飾のないin vitro転写(IVT)転写物データセットを作成した。
データの特徴は以下の通り:
- 各細胞株から1.3 - 4.9百万の主要アラインメントリードが得られた
- 全データセットをプールした"panIVT"では、ヒトタンパク質コード遺伝子の85.69%がカバーされた
- IVTデータとGRCh38リファレンスゲノムとの比較により、系統的な不一致の位置を特定し、3つのカテゴリー(既知のバリアント、低信頼9-merの不一致、その他の不一致)に分類した
- 生物学的DRSデータとIVTデータの発現量(TPM)の相関が高いことから、IVTデータが生物学的データの適切な負の対照となることが示された
- 特定の位置での不一致の有無を確認するためのサンガーシーケンシングなどの正確な検証が重要であることを示した
- 本データセットは、RNA修飾解析のための負の対照として活用でき、解析の計算負荷を軽減するためのイベントアラインデータも公開している
Статистика
各細胞株のDRSリード数は1.3 - 4.9百万
panIVTデータセットでは、ヒトタンパク質コード遺伝子の85.69%がカバーされている
HeLaデータセットの30%不一致しきい値では、62,708個の不一致が同定された
Цитаты
"ナノポア直接RNA解析における正確なRNA修飾検出のためには、修飾のない転写物を負の対照として使用することが重要である。"
"本研究では、6つの不死化ヒト細胞株から得られた修飾のないIVT転写物データセットを提供し、これらのデータをRNA修飾解析に活用する方法を示した。"
"特定の位置での不一致の有無を確認するためのサンガーシーケンシングなどの正確な検証が重要である。"