
하이퍼그래프 웨이블릿은 공간 전사체 데이터에서 복잡한 세포 군집(cellular niche)을 효과적으로 표현할 수 있으며, 이를 통해 알츠하이머 질병 진행 과정을 이해할 수 있다.


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공간-전사체-분석을-위한-하이퍼그래프-웨이블릿-표현-알츠하이머-질병-연구에의-적용


공간 전사체 분석을 위한 하이퍼그래프 웨이블릿 표현: 알츠하이머 질병 연구에의 적용


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본 논문은 RNA 서열을 생성하고 최적화하기 위한 잠재 확산 모델 RNAdiffusion을 제안한다. 이 모델은 사전 학습된 BERT 기반 모델을 사용하여 원시 RNA를 생물학적으로 의미 있는 표현으로 인코딩하고, Q-Former를 통해 이를 고정 길이 잠재 벡터로 압축한다. 이후 이 잠재 공간에서 확산 모델을 학습하여 RNA 서열을 생성한다. 또한 보상 네트워크를 학습하여 잠재 공간에서 RNA의 기능적 특성을 예측하고, 이를 활용해 확산 과정을 유도하여 단백질 생산 효율이 높은 5'-UTR 서열을 생성한다.


rna-생성을-위한-잠재-확산-모델


RNA 생성을 위한 잠재 확산 모델



단일 세포 전사체 프로파일을 자동으로 주석 달기 위해서는 새로운 클래스 발견 문제를 해결해야 한다. 이를 위해 계층적 구조를 활용하는 새로운 클러스터링 방법을 제안한다.


단일-세포-전사체-프로파일에-대한-계층적-새로운-클래스-발견


단일 세포 전사체 프로파일에 대한 계층적 새로운 클래스 발견



단일 분자 수준에서 온전한 단백질 가닥을 읽어내는 기술을 개발하여, 단백질체 다양성에 대한 더 포괄적인 이해를 가능하게 함.


A technique for threading long protein strands through a nanopore by electrophoresis and back using a protein unfoldase motor, ClpX, enables single protein molecules to be analyzed multiple times with single-amino-acid sensitivity.

Multi-pass, single-molecule nanopore reading of long protein strands - Nature

단일-분자-나노포어를-이용한-긴-단백질-가닥의-다중-통과-읽기


단일 분자 나노포어를 이용한 긴 단백질 가닥의 다중 통과 읽기



바이두 PaddleHelix팀은 AlphaFold3의 기능을 복제하기 위해 HelixFold3를 개발하고 있으며, 소형 분자 리간드, 핵산, 단백질 구조 예측 정확도가 AlphaFold3와 유사한 수준에 도달했다.


바이두-paddlehelix팀이-개발한-helixfold3를-통한-생체분자-구조-예측-기술-보고서


바이두 PaddleHelix팀이 개발한 HelixFold3를 통한 생체분자 구조 예측 기술 보고서



곤충 변화 데이터베이스(InsectChange)에는 다양한 오류와 편향이 존재하여, 전 세계 곤충 변화 추세와 그 원인을 분석하는 데 적합하지 않다.


The InsectChange database ([van Klink et al. 2021][1]) underlying the meta-analysis by [van Klink et al. (2020a)][2] compiles worldwide time series of the abundance and biomass of invertebrates reported as insects and arachnids, as well as ecological data likely to have influenced the observed trends. On the basis of a comprehensive review of the original studies, we highlight numerous issues in this database, such as errors in insect counts, sampling biases, inclusion of noninsects driving assemblage trends, omission of drivers investigated in original studies and inaccurate assessment of local cropland cover. We show that in more than half of the original studies, the factors investigated were experimentally manipulated or were strong -often not natural- disturbances. These internal drivers created situations more frequently favouring an increase than a decrease in insects and were unlikely to be representative of habitat conditions worldwide. We demonstrate that when both groups were available in original freshwater studies, selecting all invertebrates rather than only insects led to an overestimation of the “insect” trend. We argue that the disparate and non-standardised units of measurement of insect density among studies may have detrimental consequences for users, as was the case for [van Klink et al. (2020a][2], [2022][3]) who log10(x+1)-transformed these heterogeneous data, compromising the comparison of temporal trends between datasets and the estimation of the overall trend. We show that geographical coordinates assigned by InsectChange to insect sampling areas are inadequate for the analysis of the local influence of agriculture, urbanisation and climate on insect change for 68% of the datasets. In terrestrial data, the local cropland cover is strongly overestimated, which may incorrectly dismiss agriculture as a driving force behind the decline in insects. Therefore, in its current state, this database enables the study of neither the temporal trends of insects worldwide nor their drivers. The supplementary information accompanying our paper presents in detail each problem identified and makes numerous suggestions that can be used as a basis for improvement.

### Competing Interest Statement

The authors have declared no competing interest.

 [1]: #ref-29
 [2]: #ref-27
 [3]: #ref-30

InsectChange: Comment

곤충-변화-데이터베이스의-한계와-문제점


곤충 변화 데이터베이스의 한계와 문제점



생체분자 응축체의 물질 교환 속도는 계면 저항에 의해 크게 제한될 수 있다.


A hallmark of biomolecular condensates formed via liquid-liquid phase separation is that they dynamically exchange material with their surroundings, and this process can be crucial to condensate function. Intuitively, the rate of exchange can be limited by the flux from the dilute phase or by the mixing speed in the dense phase. Surprisingly, a recent experiment suggests that exchange can also be limited by the dynamics at the droplet interface, implying the existence of an “interface resistance”. Here, we first derive an analytical expression for the timescale of condensate material exchange, which clearly conveys the physical factors controlling exchange dynamics. We then utilize sticker-spacer polymer models to show that interface resistance can arise when incident molecules transiently touch the interface without entering the dense phase, i.e., the molecules “bounce” from the interface. Our work provides insight into condensate exchange dynamics, with implications for both natural and synthetic systems.

### Competing Interest Statement

The authors have declared no competing interest.

The exchange dynamics of biomolecular condensates

생체분자-응축체의-계면-저항


생체분자 응축체의 계면 저항



아라비돕시스에서 전사 활성화 영역을 실험적으로 확인하고 이를 기반으로 전사 활성화 영역 예측 모델을 개발하였다.


A high-throughput yeast-based assay is used to identify more than 1,500 activation domains (ADs) in Arabidopsis transcription factors, and a deep learning approach applied to this dataset can predict AD activity on the basis of sequence features.

Identification of plant transcriptional activation domains - Nature

아라비돕시스-전사-활성화-영역-식별


아라비돕시스 전사 활성화 영역 식별



생물학적 활성을 유전체에 안정적으로 기록할 수 있는 새로운 기술인 ENGRAM을 소개하고, 이를 통해 다양한 신호 전달 경로와 전사 인자 활성의 동적 변화를 기록할 수 있음을 보여줌.


Enhancer-driven genomic recording of transcriptional activity in multiplex (ENGRAM) is used for multiplex recording of the cell-type-specific activities of dozens to hundreds of cis-regulatory elements with high fidelity, sensitivity and reproducibility.

Symbolic recording of signalling and cis-regulatory element activity to DNA - Nature

생물학적-신호-및-cis-조절-요소-활성의-상징적-기록


생물학적 신호 및 cis-조절 요소 활성의 상징적 기록



이 연구는 Coccomyxa viridis SAG 216-4의 고품질 염색체 규모 유전체 조립과 주석을 제공합니다. 이를 통해 이 공생 미세조류의 분자 메커니즘을 이해하는 데 도움이 될 것입니다.


Unicellular green algae of the genus Coccomyxa are recognized for their worldwide distribution and ecological versatility. Most species described to date live in close association with various host species, such as in lichen associations. However, little is known about the molecular mechanisms that drive such symbiotic lifestyles. We generated a high-quality genome assembly for the lichen photobiont Coccomyxa viridis SAG 216-4 (formerly C. mucigena ). Using long-read PacBio HiFi and Oxford Nanopore Technologies in combination with chromatin conformation capture (Hi-C) sequencing, we assembled the genome into 21 scaffolds with a total length of 50.9 Mb, an N50 of 2.7 Mb and a BUSCO score of 98.6%. While 19 scaffolds represent full-length nuclear chromosomes, two additional scaffolds represent the mitochondrial and plastid genomes. Transcriptome-guided gene annotation resulted in the identification of 13,557 protein-coding genes, of which 68% have annotated PFAM domains and 962 are predicted to be secreted.

### Competing Interest Statement

The authors have declared no competing interest.

High quality genome assembly and annotation (v1) of the eukaryotic terrestrial microalga Coccomyxa viridis SAG 216-4

고품질-진핵-육상-미세조류-coccomyxa-viridis-sag-216-4의-유전체-조립-및-주석-v1-


고품질 진핵 육상 미세조류 Coccomyxa viridis SAG 216-4의 유전체 조립 및 주석 (v1)
