生物物理学

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FMM電磁気力学を用いたGROMACSでの一定pHシミュレーション: 設計と応用

本研究では、FMM電磁気力学を用いた一定pHシミュレーションの新しい実装を紹介する。これにより、タンパク質の構造ダイナミクスと質子化状態の複雑な相互作用を詳細に解析することができる。

浮遊性と固着性の微生物の摂餌効率は流体力学的に同等である

微生物の浮遊性と固着性の摂餌戦略は、流体力学的に同等の効率を持つ。

水中のNa/K比に伴う脂質-水界面における空間的に変化する電場の存在

脂質単分子膜の機械的特性、分子構造、化学結合は、水中のNa/K比の線形的な変化に対して非線形的に変化する。これは、界面近傍の陽イオンが均一に分散しているのではなく、密に配列した構造を形成し、空間的に変化する電場を生み出していることを示唆している。

生物分子凝縮体の界面抵抗

生物分子凝縮体の物質交換ダイナミクスは、凝縮体と希薄相の間の界面抵抗によって大きく影響を受ける可能性がある。

PLDの相分離に関する普遍的な予測スケーリング則

PLDの相分離特性は、アミノ酸変異の数と種類に応じて定量的に予測できるスケーリング則に従う。

シクリックヌクレオチド結合ドメインを持つイオンチャネルの配位子結合による構造変化の時間分解遷移金属 FRET による解明

シクリックヌクレオチド結合ドメインを持つイオンチャネルSthKのC末端領域の構造変化と自由エネルギー変化を、定常状態および時間分解遷移金属 FRET 実験により明らかにした。cAMPは大きな構造変化と自由エネルギー変化を引き起こすのに対し、cGMPは部分アゴニストとして弱い効果しか示さないことを示した。また、オリゴマー化や塩濃度の変化がこれらの構造変化と自由エネルギー変化に影響することを明らかにした。