최근 딥러닝 및 대규모 언어 모델(LLM)의 발전은 마이크로바이옴과 메타게놈 데이터 분석에 큰 영향을 미쳤다. 미생물 단백질 및 유전체 서열은 생명의 언어와 같아서 LLM을 활용하여 복잡한 미생물 생태계로부터 유용한 통찰을 얻을 수 있다.