蛋白质序列学习的深度学习库和基准

本文提出了DeepProtein,这是一个专门针对蛋白质相关任务的综合性和用户友好型深度学习库。DeepProtein集成了多种最先进的神经网络架构,包括卷积神经网络(CNN)、循环神经网络(RNN)、变换器、图神经网络(GNN)和图变换器(GT)。它提供了用户友好的接口,方便领域研究人员将深度学习技术应用于蛋白质数据。此外,我们还编制了一个基准,评估这些神经架构在各种蛋白质任务上的性能,包括蛋白质功能预测、蛋白质定位预测和蛋白质-蛋白质相互作用预测,展示了其出色的性能和可扩展性。