Core Concepts
DRAM 시스템은 탈아미노화 효소와 5-메틸시토신 판독 단백질을 결합하여 전사체 전반에 걸쳐 5-메틸시토신 위치를 효과적이고 포괄적으로 확인할 수 있는 새로운 방법을 제공한다.
Abstract
이 연구에서는 DRAM (탈아미노화 효소와 5-메틸시토신 판독 단백질 보조 RNA 메틸화 분석) 시스템을 개발했다. DRAM 시스템은 탈아미노화 효소(APOBEC1, TadA-8e)와 5-메틸시토신 판독 단백질(ALYREF, YBX1)을 융합하여 5-메틸시토신 부위 인근의 탈아미노화 반응을 통해 5-메틸시토신 위치를 확인한다. 이는 항체나 바이설파이트 처리 없이도 전사체 전반에 걸쳐 5-메틸시토신을 포괄적으로 검출할 수 있다.
DRAM 시스템은 기존 바이설파이트 염기서열 분석 데이터와 높은 중복성을 보였으며, 저농도 RNA 샘플(10ng)에서도 효과적으로 작동했다. 또한 DRAM은 산화 스트레스에 의한 5-메틸시토신 동적 변화를 모니터링할 수 있었다. 이를 통해 DRAM 시스템이 5-메틸시토신의 생물학적 기능 규명과 관련 질병 치료법 개발에 기여할 것으로 기대된다.
Stats
RPSA mRNA의 5-메틸시토신 부위에서 DRAM-ABE에 의한 A-to-G 편집률은 14.7%였다.
AP5Z1 mRNA의 5-메틸시토신 부위에서 DRAM-CBE에 의한 C-to-U 편집률은 13.6%였다.
NSUN2 또는 NSUN6 결손 세포주에서는 DRAM에 의한 편집 효과가 크게 감소했다.
Quotes
"DRAM 시스템은 항체나 바이설파이트 처리 없이도 전사체 전반에 걸쳐 5-메틸시토신을 포괄적으로 검출할 수 있다."
"DRAM은 저농도 RNA 샘플(10ng)에서도 효과적으로 작동했다."
"DRAM은 산화 스트레스에 의한 5-메틸시토신 동적 변화를 모니터링할 수 있었다."