FastqZipは、リファレンスシーケンスを利用して高い圧縮率を実現する新しい圧縮アルゴリズムを提案する。ローカル検索によるインサートおよび削除の検出、リード並べ替え、ロスの質量スコアの圧縮などの手法を組み合わせることで、既存の最先端アルゴリズムよりも約10%高い圧縮率を達成する。