단백질 복합체 데이터를 분할할 때 메타데이터 또는 서열 유사성에 기반한 기존 방식은 데이터 누출을 초래하여 모델의 일반화 성능을 과대평가할 수 있다. 따라서 단백질 상호작용 계면의 구조적 유사성에 기반한 데이터 분할이 필요하다.