악성코드 샌드박스는 보안 애플리케이션에 많은 이점을 제공하지만, 구현이 복잡하다. 이러한 복잡성으로 인해 다양한 연구 분야의 새로운 사용자들이 어려움을 겪으며, 샌드박스를 선택, 구성 및 사용하기 어렵다. 더 나쁜 것은 샌드박스를 잘못 사용하면 보안 애플리케이션에 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 것이다.